【Blender科研绘图】案例5-构建任何分子的3D模型

0 前沿

嘿，朋友们。

这期给大家讲解如何在 Blender 中导入任何想要结构的 3D 模型。本期流程较为简单，只不过设计几个文件名字和网页，大家之后保存好那些网站之后想要查询即可。

难度：⭐⭐⭐（需要知道最基础的知识，已经了解如何移动、旋转、缩放模型）（本期也适合初学者）

SMILES 分子语言/pdb 文件/OpenBabelGUI 软件

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1 pdb 插件安装

首先打开 Blender 在其中编辑-偏好设置-插件。pdb 插件就是让 blender 可以导入 pdb 文件，这些文件一般为 3D 软件的通用格式

搜索 pdb，勾选 pdb/XYZ 插件（其实从此可以看出 blender 安装插件是多么的方便，不需要额外破解或者再去文件夹搞来搞去）

2 Open Babel GUI 软件

我们安装好了 pdb 导入插件，但是该从哪里搞 pdb 文件呢？，这时候来到下面这个网站

https://github.com/openbabel/openbabel/releases/tag/openbabel-3-1-1

按图点击下载所指文件即可（或者自己直接在网页搜索 Open Babel 即可）

好了之后，打开文件，这里注意一定要是以管理员身份打开，否则可能会报错

下面为软件的界面，但是不要慌，大部分功能我们都用不到，一步一步跟着来即可

首先我们在右边将 output format 修改成 pdb 文件格式（这里的意思其实类似格式工厂，可以将另一种格式的文件转化为 pdb 文件）

搞完右边看左边，勾选 input below 的选项，然后我们就可以在左边黄色区域输入分子式啦，从而得到分子的 pdb 文件，进而导入到 blender 进行修改使用，但是这里的分子式不是一般的分子式，它是一种特殊的分子格式，一般叫 SMiLES 语言，这个我们不需要全部记得规则，我们需要什么去查什么就可，接着向下看

在百度或者谷歌直接搜索分子 SMILES 规范就可查到很多规则和形式，比如我选择下图所示的分子式（大家可以去试试乙醇 / 丙酮这些常见的）

SMILES 写作规范：https://www.jianshu.com/p/8c915de5ad4d

我们成功将 SMILES 格式输入进来了

这时候要选择一下输出位置，并对其进行命名

这些都搞定之后，在中间进行勾选 Add hydrogens（顾名思义，就是自动补齐氢原子）和 Generate 3D Coordinates（产生 3D 坐标信息）

点击 Convert, 这时候分子的 pdb 文件就已经生成了

3 导入 Blender

现在我们有了 pdb 文件，我们回到 blender，按 A 全选，再按 X 删除所有模型

在文件-导入-Protein Date Bank 即 pdb

选择刚刚生产的 pdb 文件，同时右边可以选择生产模型球体的大小

这样就成功导进来啦

同时，我们在材质里面可以选择各个原子并对其材质进行更改，见下图

4 渲染

渲染还是老路子，这里我准备生成没有背景的 PNG 图，选择 Cycles 渲染器，GPU 计算（这里前面几期都做了很多次了，可以去复习一下）【Blender 科研绘图】案例 4-CNT | 碳纳米管

添加相机

调整相机位置与角度（之前推送有详细介绍）

最后我们发现渲染场景比较暗，可以在下图所示打开环境光遮蔽 AO，再次按 F12 渲染即可

效果如下图，导出，导入到 ps 或 ppt 提高亮度，对比度和饱和度即可

视频版教程：https://www.bilibili.com/video/BV1RK4y127wE
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3ODA5MTk2Mw==&mid=2247484293&idx=1&sn=72425b551076a5f50845aee582447327&chksm=cf184851f86fc14776dcc3967d21bc073d18ce295caeba032ce788c5312e43dd20ff1d12ac91&scene=178&cur_album_id=1752875309680377865#rd