Blender绘制分子模型(二)
效果图
上篇文章 写了如何利用openbabel手动生成分子3d模型，原博主写了一个python程序可以自动生成模型，下面是纯新手向的教程。
安装#
建议使用conda,安装包可以去各大镜像站下载，速度快。这里使用的是北外源 安装包列表拉到最下面按系统选择最新的即可，若觉得anaconda过于臃肿可以使用miniconda 。windows下安装较为简单，勾选同意协议后什么都不用动一路下一步即可。linux下cd到下载目录然后运行
bash
bash Anaconda3-xx.xx.x-Linux-x86_64.sh
然后出现引导，是否同意协议，确认安装目录之类的一路Enter即可，唯一需要注意的是安装目录待会用得到。
配置#
配置主要为配置.condarc下载快一点，linux需要配置用户环境变量。
windows#
打开Anaconda prompt 运行:
bash
conda config --set show_channel_urls yes
在用户目录%USERPROFILE%下会生成一个.condarc文件，打开文件写入北外镜像的配置:
yaml
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
linux#
.condarc直接用echo vim之类的写入即可，需要配置一下用户环境变量。在.bashrc .zshrc或者你使用的其他sh配置文件中写入一行：
bash
source /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh
conda.sh的位置取决于安装的位置，默认为～/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh我使用的是archlinux,ArchlinuxCN 打包了anaconda,安装位置为opt/anaconda/ 将其替换为你的用户目录即可，然后source一下：
现在就可以在终端中使用conda命令了
使用#
下面的操作windows用户在anaconda prompt,linux用户在终端操作即可。
bash
conda create -n blender python=3.6
conda activate blender
conda install -c openbabel openbabel
pip install blender-chemicals
blender-chemicals c1ccccc1
此时应该自动打开了blender并且已经根据SMI生成了一个苯环的分子模型，以后使用只要conda activate blender然后输入blender-chemicals <smi-string>(或mol cif)即可。
作者github#
patrickfuller/blender-chemicals
文章作者: 金葵